《計算機應用研究》|Application Research of Computers

用并行計算從基因表達數據構建大規?;蛘{控網絡

Reconstruction of gene regulatory network using parallel computational algorithm with gene expression data

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作者 鄭明,周柚,卓慕瑰
機構 梧州學院 廣西高校行業軟件技術重點實驗室;梧州學院 大數據與軟件工程學院;吉林大學 計算機科學與技術學院
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摘要 為解決大規?;蛘{控網絡構建算法精度不高、計算時間過長的問題,提出一種從基因表達數據分析出發,并行計算和閾值限定相結合的新算法來構建大規?;蛘{控網絡。該算法中基因間交互強度值采用條件互信息值度量,并行計算采用GPU與CPU相結合的CUDA與OpenMP架構。綜合數據集的運行結果證明該算法較新的構建算法(如貝葉斯模型算法和微分方程模型算法)相比,在構建大規?;蛘{控網絡時有更高的運算精度和更短的運行時間。
關鍵詞 基因調控網絡;大規模數據集;并行計算;閾值限定;基因表達數據
基金項目 國家自然科學基金資助項目(61862056,61772227)
廣西自然科學基金項目面上項目(2017GXNSFAA198148)
梧州學院院級項目(2017B001)
廣西高校行業軟件技術重點實驗室項目
本文URL http://www.oirznw.live/article/02-2020-07-018.html
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中圖分類號 TP18
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